Mmmh... bonne question...
Grammaticalement, il est vrai qu'avec 아프다, on peut utiliser la particule 이/가, mais on peut aussi utiliser 은/는. C'est surtout une question de contexte je dirais.
L'utilisation de 은/는 permet de mettre l'accent sur le mot qui précède, de dire que "c'est de ma gorge que je parle là" (enfin écrit comme ça c'est peu bizarre je l'admets...). Mais je pense pas que ce soit faux d'utiliser 이/가 à la place. Enfin, pour être honnête, j'utilise ces deux particules de manière assez interchangeable et personne ne m'a jamais fait de remarques à ce sujet donc... je pars du principe que si on me comprend c'est que c'est jsute
Et sinon, ce serait pas plutôt 아프지만?